sudo rm -fr ~/.cocoapods/repos/master pod setup
ってすれば大抵のことはなんとかなる。ならなかったがググるかgithubで訊く。
https://github.com/CocoaPods/CocoaPods
sudo rm -fr ~/.cocoapods/repos/master
は公式だとpod repo remove master
ってしろって言われてるらしいけど、さっきそれさえも通らなかった。
それでもダメだったら
gem uninstall cocoapods cocoapods-core cocoapods-downloader cocoapods-try-release-fix rm -rf ~/.cocoapods rm -rf ~/Library/Caches/CocoaPods gem install cocoapods pod setup
各プロジェクト内のPodfileさえ無事なら、podコマンドがどうなろうが影響ないはずなので、最終手段は全部やりなおし。